Download IT導入補助金でECサイトは作れない？
2025年最新ルールと代替策を徹底解説

2025年度のIT導入補助金では、ECサイト構築費用が補助対象外となり、多くのEC事業者の方が困惑しているのではないでしょうか。

しかし、インボイス対応システムやセキュリティ対策ツール、受発注管理システムなど、EC運営に欠かせないバックオフィス業務の効率化には引き続き活用できます。

本記事では、IT導入補助金2025の最新情報を徹底解説し、なぜECサイト制作が対象外になったのか、その背景と理由を明らかにします。

さらに、EC事業者が実際に活用できる5つの具体的な取り組みや、ECサイト構築に使える代替補助金（小規模事業者持続化補助金、事業再構築補助金、中小企業省力化投資補助金）についても詳しく紹介します。

IT導入補助金2025の概要

IT導入補助金は、中小企業や小規模事業者が「ITツールを導入する費用」の一部を国が支援する制度です。2025年度も継続され、インボイス対応やセキュリティ対策など重点分野が拡充されました。

画像引用：独立行政法人中小企業基盤整備機構「IT導入補助金2025」

【2025年度の主な拡充点】

• 通常枠：最低賃金近傍の事業者の補助率を2/3へ拡大
• セキュリティ対策推進枠：補助額上限を150万円へ拡大、小規模事業者の補助率を2/3へ
• 補助対象経費：IT活用の定着を促す導入後の「活用支援」を追加
• 統合業務：「ビジネスアプリ作成」「ワークフロー」「BI、分析・解析」等を追加

対象となるのは、事務局に登録されたソフトウェアやクラウドサービスの導入費用です。交付決定後に事業を開始し、完了後の実績報告を経て補助金が支給される「後払い方式」となっています。

【EC事業者への重要な変更点】

• ECサイトの構築には使えなくなった
• ただし、通販基幹システムの導入、セキュリティ対策などには使える可能性がある

補助金の詳細や具体的な活用に関しては、通販マーケッターEight!を提供している株式会社東通メディアへ問い合わせください。

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通常枠

通常枠は、中小企業・小規模事業者等の生産性向上を目的に、業務効率化やDX推進に資するITツールの導入を支援する基本的な申請枠です。

【対象となるITツール】

• ソフトウェア（業務プロセスを効率化するもの）
• クラウドサービス（最大2年分の利用料）
• 導入関連費（保守運用、活用支援など）

中小企業基本法に定められた「中小企業」および「小規模事業者」が対象となります。

【主な業種別従業員数・資本金要件】

医療法人、社会福祉法人、特定非営利活動法人なども一定要件で申請可能です。

2025年度から拡充された補助対象経費は、以下の通りです。

• ソフトウェア購入費
• クラウド利用料（最大2年分）
• 導入関連費（保守サポート、マニュアル作成等）
• 新規追加：IT活用の定着を促す導入後の「活用支援」費用

補助率は、事業者の規模や賃金状況により異なります。

【補助率・補助額の詳細】

• 通常：1/2以内
• 賃金引上げ事業者※：2/3以内へ拡大
• 補助上限額：5万円以上450万円以下（プロセス数により変動）

※3か月以上地域別最低賃金+50円以内で雇用している従業員数が全従業員数の30％以上

出典：中小企業庁「サービス等生産性向上IT導入支援事業 『IT導入補助金2025』の概要」

インボイス枠（インボイス対応類型）

インボイス制度への対応に必要な会計ソフト、受発注ソフト、決済ソフトの導入を支援する申請枠です。小規模事業者への手厚い支援が特徴です。

【導入メリット】

• 適格請求書の自動発行・管理
• 電子帳簿保存法への同時対応
• 税率計算の自動化によるミス防止
• ペーパーレス化による業務効率化

インボイス制度への対応が必要な中小企業・小規模事業者等が対象です。

【対象事業者の条件】

• 既に適格請求書発行事業者として登録済み
• これから登録を予定している事業者
• 免税事業者から課税事業者への転換検討中
• インボイス対応システムの導入・更新が必要

インボイス制度に対応したITツールとハードウェアが、補助対象となります。

【対象経費一覧】

小規模事業者に特に有利な補助率が設定されています。

【補助率の詳細】

• 補助額50万円以下：
  • 中小企業：3/4
  • 小規模事業者：4/5（業界最高水準）
• 補助額50万円超：一律2/3
• 補助上限額：350万円

小規模事業者は最大4/5補助という高い補助率により、初期投資の負担を大幅に軽減できます。

インボイス枠（電子取引類型）

発注側事業者が導入したインボイス対応ITツールを、受注側事業者に無償提供する場合に活用できる申請枠です。サプライチェーン全体のデジタル化を促進します。

【活用シーン】

• 取引先が多い卸売業者のシステム統一
• 製造業の協力会社とのEDI構築
• フランチャイズ本部と加盟店の連携
• 地域商店街の共同システム導入

発注側・受注側それぞれに要件が設定されています。受注側が大企業の場合も、利用料を負担しなければ参画可能です。

【申請可能な組み合わせ】

取引のデジタル化に必要な費用を、幅広くカバーします。

【主な対象経費】

• インボイス対応受発注システムの利用料
• 発注側・受注側双方のアカウント料
• システム初期設定費用
• 導入研修・教育費用
• データ移行費用

「企業規模」により、補助率が異なります。

【補助内容】

• 中小企業・小規模事業者：2/3
• 大企業等（受注側として参画）：1/2
• 補助上限額：350万円

複数の取引先を巻き込んだ「大規模なデジタル化プロジェクト」にも対応可能な補助額です。

セキュリティ対策推進枠

サイバーインシデントによる事業継続リスクを低減するため、セキュリティ対策を強化する中小企業等を支援します。2025年度は補助内容が大幅に拡充されました。

【2025年度の拡充内容】

• 補助額上限：100万円→150万円へ拡大
• 小規模事業者の補助率：1/2→2/3へ拡大
• 対象サービス：サイバーセキュリティお助け隊サービス（最大2年分）

サイバーセキュリティ対策の強化が必要な「全ての中小企業・小規模事業者等」が対象です。

【特に推奨される事業者】

• EC事業者（顧客情報・決済情報を保有）
• 製造業（機密情報・設計データを保有）
• 医療・介護事業者（個人情報を多数保有）
• 過去にセキュリティインシデントを経験

独立行政法人情報処理推進機構（IPA）認定のサービスが対象です。

【サイバーセキュリティお助け隊サービスの内容】

「事業規模」により異なる補助率が適用されます。

【補助率・補助額】

• 小規模事業者：2/3以内（2025年度拡充）
• 中小企業：1/2以内
• 補助額：5万円～150万円（2025年度拡充）

個人情報漏洩リスクを低減し、顧客からの信頼性向上とブランドイメージの維持に役立ちます。

複数社連携IT導入枠

10者以上の中小企業・小規模事業者等が連携し、共同でIT導入を行う取り組みを支援します。地域や業界単位でのデジタル化推進に最適な申請枠です。

【活用例】

• 商店街のキャッシュレス決済統一
• 業界団体での共同受発注システム構築
• 地域物流の配送効率化システム
• 観光地の共同予約管理システム

代表事業者を含む「10者以上」のグループ形成が必要です。

【グループ構成の要件】

基盤導入経費に加え、データ分析や専門家費用も対象となります。

【対象経費の内訳】

1. 基盤導入経費
   • インボイス対応ITツール
   • PC・タブレット等
2. 消費動向分析経費
   • AIカメラ、ビーコン
   • デジタルサイネージ等
3. 事務費・専門家経費
   • コーディネート費用
   • 専門家謝金、事務局運営費等

「大規模プロジェクト」に対応可能な補助設計となっています。

【補助内容の詳細】

• 基盤導入経費：
  • 50万円以下：3/4（小規模事業者4/5）
  • 50万円超：2/3
• 補助上限額：3,000万円
• 消費動向分析・事務費：上限200万円

地域全体のデジタル化を一気に推進できる規模の支援が受けられます。

なぜECサイト制作は対象外？2024年以降の制度改定

2024年度から、IT導入補助金においてECサイト制作が補助対象外となりました。この背景には複数の政策的判断があります。

【制度改定の経緯】

以前は「デジタル化基盤導入枠」でECサイト構築費を支援していましたが、枠組みが廃止されました。ECサイトそのものの開発はホームページ制作費扱いとなり、補助範囲から除外されています。

【除外された主な理由】

1. 効果測定の困難性
   • 単なるWebサイト制作との区別が曖昧
   • 生産性向上への直接的効果が測定しにくい
   • 広告宣伝費的な性格が強いとの判断
2. 市場環境の変化
   • 低価格ASPサービスの普及
   • ECサイト構築の参入障壁低下
   • 特別な支援の必要性低下
3. 政策優先順位の転換
   • インボイス対応など汎用的ITツール導入を優先
   • 限られた予算の効果的配分
   • より緊急性の高い分野への集中投資

不正利用リスクの管理強化も背景にあり、Web制作関連の補助条件が厳しくなりました。

EC事業者が確認すべき最新ポイント

ECサイト構築は対象外となりましたが、EC事業者が活用できる支援は多く残されています。以下は、2025年度の重要な変更点です。

【EC事業者が活用可能な分野】

インボイス制度対応枠では、請求書発行システムなどが引き続き支援対象となっています。ECサイトと連携可能なシステムを選ぶことで、業務全体の効率化を図れます。

【2025年度の注目ポイント】

• セキュリティ強化ツールの導入に補助が手厚くなり、個人情報保護を図りやすい
• 導入後の活用支援費や保守サポート費も一部補助対象へ追加
• 小規模事業者への補助率拡大により、資金力の少ない事業者も利用しやすい

制度の見直しが頻繁なため、最新の公募要領をチェックする必要があります。IT導入支援事業者との連携により、常に最新情報を把握することが大切です。

ECサイト関連で使えなくなった費用例

2024年度以降、具体的にどのような費用が補助対象外となったのか、詳しく整理します。

【補助対象外となった主な費用】

1. 新規ECサイト制作費
   • デザイン制作・UI/UX設計
   • 機能カスタマイズ・独自開発
   • ブランディング関連のビジュアル制作
2. 既存サイトリニューアル費
   • デザイン刷新・レスポンシブ対応
   • ページ速度改善・システム改修
   • UI改修にかかる開発コスト
3. EC基本機能の導入費
   • ショッピングカート機能
   • 決済モジュール・決済手段追加
   • 商品管理・在庫表示機能
4. マーケティング関連費
   • 集客用ランディングページ制作
   • A/Bテスト用ページ作成
   • SEO対策コンテンツ制作

これらの費用は全て自己負担となるため、EC事業者は別の資金調達方法を検討する必要があります。

IT導入補助金では、あくまでバックオフィス業務の効率化に焦点を当てた投資のみが対象となることを理解しておきましょう。

IT導入補助金2025を活用できるEC事業者の取り組み

ECサイト作成は補助の対象外となりましたが、以下のように「IT補助金を活用した取り組み」はできます。

• 受発注一元管理システムによる在庫・発送業務の効率化
• インボイス対応会計ソフトでバックオフィスの負担を削減
• セキュリティ強化で顧客データを守る
• 顧客データ分析ツールやMAツールの活用
• 複数社連携でEC物流や共同プロモーションを効率化

これら具体例について、解説します。

受発注一元管理システムによる在庫・発送業務の効率化

複数モールや自社ECサイトの注文情報をリアルタイムで一括管理することで、業務効率を大幅に改善できます。

【導入効果】

在庫切れや二重発送を防ぐ仕組みによって、人的ミスの大幅削減が期待できます。

楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピングなど、複数プラットフォームの注文を一画面で管理可能です。

【補助金活用のメリット】

• 導入費用の1/2〜3/4が補助されるため、初期投資リスクを軽減できる
• 社内研修やマニュアル整備も含めて補助対象となり、定着率が高まる
• 数百万円規模のシステムも実質半額以下で導入可能

属人化を防ぎ、誰でも対応できる業務フローを構築することで、長期的な運営体制を実現できます。

インボイス対応会計ソフトでバックオフィスの負担を削減

正式な適格請求書の発行・受領を自動化し、税率計算の手間を大幅に減らすことが可能です。

【導入による業務改善】

1. 請求書処理の自動化
   • 適格請求書の自動発行
   • 複雑な税率計算の自動化
   • 仕入税額控除の要件チェック
2. ペーパーレス化の推進
   • 電子データ管理により書類保存コストが下がる
   • 電子帳簿保存法への対応もスムーズ
   • 検索性向上で過去データへのアクセスが容易
3. システム連携による効率化
   • 受発注システムとの自動連携
   • 売上・仕入データの自動取込
   • 月次決算の早期化を実現

【採択率向上のポイント】

他の業務システムと連携しやすいクラウド会計サービスも事務局登録ツールに多数あります。申請時に効果指標を示せば、採択率アップにつながる場合が多いです。

セキュリティ強化で顧客データを守る

サイバー攻撃対策ソフトやファイアウォールを導入し、不正アクセスからECサイトを保護します。

【セキュリティ対策の重要性】

セキュリティ推進枠ではメンテナンス費用も一部補助され、継続的な安全対策が可能です。個人情報の漏洩リスクを低減でき、ブランドイメージの維持にもプラスに働きます。

【グローバル対応】

GDPRやプライバシー規制に配慮する海外向けECにも応用しやすく、国際的な規制への準拠も支援されます。

顧客データ分析ツールやMAツールの活用

ECで蓄積されるアクセス履歴や購買履歴を分析し、効果的な販促施策を立案できます。

【データ活用の具体例】

1. 顧客セグメント分析
   • 購買パターンの把握
   • 優良顧客の特定
   • 離脱リスクの高い顧客の発見
2. マーケティング自動化
   • セグメント別メール配信
   • カート放棄者への自動フォロー
   • リターゲティング広告との連携
3. 売上向上施策
   • 商品レコメンドの最適化
   • クロスセル・アップセルの促進
   • LTVの最大化

見込顧客の行動を可視化して、顧客ロイヤルティを高める施策をPDCAで回せます。

導入支援・活用サポートも補助対象に含まれる場合があり、新規スタッフでも運用しやすい環境を構築できます。

複数社連携でEC物流や共同プロモーションを効率化

仕入先やパートナー企業と連携し、共同でITシステムを導入する複数社連携IT導入枠の活用例です。

【連携による効果】

在庫データや配送スケジュールを一元管理することでリードタイムを短縮できます。共通のオンラインカタログや共同キャンペーンを実施すれば、顧客獲得力を高められます。

連携企業同士で補助金を分担する形になるため、1社あたりの負担を抑えて大規模化が可能です。最大3,000万円の補助により、地域や業界全体のデジタル化を推進できます。

ECサイト構築に活用できる補助金

IT導入補助金はECサイト構築やリニューアルなどに利用できなくなりましたが、ECサイト構築に活用できる補助金制度があります。

• 小規模事業者持続化補助金
• 事業再構築補助金
• 中小企業省力化投資補助金

それぞれの特徴を理解し、自社に最適な制度を選択しましょう。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者の販路開拓を支援する制度で、ECサイト制作費も対象となります。

【制度概要】

チラシ作成や広告出稿と組み合わせた計画を立てると、採択されやすくなります。初めてECに参入する事業者や、対面販売からの転換を図る事業者に最適です。

【申請のポイント】

• 商工会議所の支援を受けながら申請書を作成する必要があり、採択後も報告義務がある
• 経営計画書の作成を通じて、事業の方向性を明確化できる
• 専門家のアドバイスにより、実現可能性の高い計画を立案可能

事業再構築補助金

コロナ禍など外部環境の変化に対応し、新分野への転換を図る中小企業向け大型補助金です。

【活用メリット】

1. 大規模投資が可能
   • 補助上限：数千万円規模
   • ECサイト構築＋設備投資をパッケージ化
   • 倉庫、物流システムも対象
2. 本格的なEC参入支援
   • 既存事業からの大転換を支援
   • 新規事業としてのEC展開
   • DX推進の総合的な取り組み

【申請要件（例）】

申請要件や審査基準が厳格で、金融機関や専門家との共同で事業計画を深く作り込む必要があります。

中小企業省力化投資補助金

2024年度から新設された省力化・自動化投資を支援する制度で、ECサイト構築費も対象範囲です。

【制度の特徴】

• 独自開発・カスタマイズ性の高いシステムに対応
• 省力化効果を数値で示すことが重要
• IT導入補助金より柔軟な制度設計

【評価されやすいEC機能】

業務効率化や人件費削減につながる「具体的な数値目標」を示すと採択率が高まりやすいです。

賃上げや雇用維持など追加要件を満たせば、補助率や上限がさらに上乗せされる可能性があります。

▼あわせて読みたい
ECサイト構築に「中小企業省力化投資補助金」を活用する方法

補助金を利用するときの注意点

補助金を活用する際には、いくつかの注意点があります。主な注意点として、以下が挙げられます。

• 後払い方式による資金繰りリスク
• 交付決定前の着手は補助対象外
• ベンダー選定と不正受給リスク
• 実績報告後に補助額確定
• 他補助金や自治体支援との併用トラブル

これら補助金の活用時に見落とされがちな注意点を確認しましょう。

また、補助金の詳細や具体的な活用に関しては、通販マーケッターEight!を提供している株式会社東通メディアへ問い合わせください。

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後払い方式による資金繰りリスク

採択後も、まずは「全額を自己資金」で支払い、実績報告を経て補助額が交付されます。

【資金繰りの注意点】

 交付まで数ヶ月かかることもあり、運転資金に余裕がないとキャッシュフローが逼迫します。

たとえば、300万円の投資で200万円の補助金でも、一時的に300万円の資金が必要です。

【リスク対策】

• 不採択の可能性を考慮し、最悪の場合でも事業を継続できる資金計画が必要
• つなぎ融資など外部手段の活用も視野に入れ、経理担当と事前に相談しておく
• 補助金交付決定通知を担保とした融資商品の活用も検討

交付決定前の着手は補助対象外

申請書を提出しても、正式な交付決定通知を受ける前に、契約や支払いを進めると対象外になります。

【よくある失敗パターン】

• 「申請したから大丈夫」という誤解
• 締切ギリギリでの申請による焦り
• ベンダーからの着手圧力
• 導入時期の都合による早期着手

【正しい手順】

プロジェクトの開始時期を明確に設定し、手順を逆算してスケジュールを管理することが重要です。

交付決定通知が届いた後に、確定した納期・コストで着手するのが必須ルールとなります。

ベンダー選定と不正受給リスク

「実質無料」や「補助金分を値引きする」とうたうベンダーとの契約は、違法行為となる可能性があります。

【危険なベンダーの特徴】

• 「補助金で実質無料」という営業トーク
• 異常に高額な見積もり提示
• 補助金前提の価格設定
• 書類作成の全面代行を提案

【不正発覚時のペナルティ】

• 補助金全額返還
• 加算金・延滞金
• 刑事罰の可能性

不正行為が発覚すると補助金返還に加え、罰則や企業イメージ低下など大きなリスクがあります。

公式に登録されたITベンダーかどうかの確認は必須です。

契約内容が明瞭で申請サポート実績がある業者を選ぶと、書類不備による不採択リスクも下がります。

実績報告後に補助額確定

導入完了後に「事業実績報告書」や「経費証拠書類」を提出し、審査を通って初めて交付額が確定します。

【実績報告で必要な証明】

1. 導入実績の証明
   • システム稼働画面のキャプチャ
   • 利用状況のレポート
   • 効果測定データ
2. 経費の証明
   • 領収書・請求書
   • 銀行振込明細
   • 納品書・検収書
3. 計画との整合性
   • 申請時計画との比較
   • 変更があった場合の理由書
   • 効果指標の達成状況

書類の不備や計画からの逸脱が見つかると、減額や不交付になるケースもあります。

ベンダーとも連携し、領収書や契約書の管理・保管を徹底して、期限内に報告することが重要です。

他補助金や自治体支援との併用トラブル

同一経費を、複数の補助金で「重複請求することは禁止」されています。

【併用ルールの基本】

ただし、別の事業内容や年度を分けて申請すれば、併用可能となる場合もあります。

【併用計画の例】

• ECサイト構築：小規模事業者持続化補助金
• 在庫管理システム：IT導入補助金
• 倉庫設備：ものづくり補助金

自治体の独自補助金と国の補助金を組み合わせる際は、対象経費の切り分けが必要です。併用計画を立てるなら、最初に商工会や専門家に相談し制度要件を確認しましょう。

EC事業者はIT導入補助金2025を活用しよう

ECサイト制作費が対象外となっても、受発注や在庫管理などバックヤードの最適化に有効です。

【EC事業者が活用すべき分野（例）】

インボイス対応・セキュリティ強化など、最新の重点分野で導入費用を大幅に抑えられます。

特に、小規模事業者は補助率が優遇されており、この機会を最大限活用すべきです。

【成功のポイント】

• 導入効果の根拠を明確に示す（労働生産性向上率など）
• 補助金交付決定後の着手を徹底
• IT導入支援事業者との密な連携
• 最新の公募要領を常にチェック

EC開発を含む大規模投資には「中小企業省力化投資補助金」など他制度を検討し、必要に応じて組み合わせると効果的です。

各制度の特徴を理解し、段階的なデジタル化計画を立てることで、持続可能な成長基盤を構築できるでしょう。