東京都内でECサイトを立ち上げたいと考えている事業者にとって、初期費用の負担は大きな課題です。
しかし、東京都や各区市町村では、ECサイト構築やデジタル化を支援する様々な補助金制度が用意されています。
これらの補助金制度は申請期限や条件が異なり、重複受給の制限もあるため、適切な選択と申請タイミングの見極めが重要となります。
本記事では、2025年最新版として東京都全域・23区・市町村で活用できるECサイト関連の補助金を網羅的に紹介し、効果的な申請のポイントや組み合わせ方のコツまで詳しく解説します。
東京都で使えるECサイト補助金まとめ【2025年最新版】
東京都内で使えるECサイト関連の補助金を、以下にまとめました。各補助金の詳細についても、本記事内で紹介します。
【主なECサイト関連補助金一覧】
| 対象地域 | 補助金名 | 対象経費 | 補助額・補助率 |
| 東京都全域 | ゼロエミッション販路拡大助成 | 展示会出展費、EC出店初期登録料、サイト制作費等 | 最大150万円（2/3以内） |
| 東京都全域 | 市場開拓助成事業 | 展示会参加費、EC出店初期登録料、サイト制作・改修費等 | 最大300万円（1/2以内） |
| 東京都全域 | 中小企業デジタルツール導入促進支援事業 | ソフトウェア購入費、クラウドサービス利用料等 | 最大100万円（1/2以内、小規模は2/3以内） |
| 世田谷区 | 中小事業者経営支援補助金 | ECサイト構築、ホームページ制作費等 | 最大30万円（1/2以内） |
| 中央区 | ECサイト活用補助金 | 独自ECサイト構築費、モール型ECサイト初期登録費 | 最大5万円（1/2以内） |
| 台東区 | インターネットショップ出店・開設支援助成金 | 通販サイト出店費、自社ECサイト構築費 | 最大10万円（1/2以内） |
| 足立区 | IT・IoT導入補助金 | 自社ECサイト構築、業務システム導入費等 | IT活用：最大75万円、IoT活用：最大150万円（2/3以内） |
| 葛飾区 | ホームページ作成費補助金 | ECサイト新規構築費（HP作成と同時申請時） | 最大10万円（1/2以内） |
| 八王子市 | 創業者販路拡大支援補助金 | ウェブサイト作成費、ECサイト構築費等 | 最大10万円（3/4以内） |
それぞれの補助金には申請期限や条件があるため、詳細は各自治体のホームページで確認することが重要です。
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ECサイト構築・運用に使える国の補助金
東京都独自のECサイト補助金
東京都独自のECサイト関連の補助金は、以下の3つです。
- ゼロエミッション販路拡大助成
- 市場開拓助成事業（一般枠／成長産業分野枠）
- 中小企業デジタルツール導入促進支援事業
これらの補助金について、ここから解説します。
ゼロエミッション販路拡大助成
ゼロエミッション推進に向けた製品等の製造・販売に取組む都内の中小企業を対象に、販路開拓のために出展する展示会等に係る経費の一部を助成する制度です。
環境配慮型の製品やサービスを扱う企業にとって、ECサイト構築費用も補助対象となる魅力的な支援となっています。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 東京都全域 |
| 対象者 | ・東京都内の本店又は支店で実質的な事業活動を引き続き１年以上行っている中小企業者（法人又は個人事業者） ・「ゼロエミッション東京戦略 Beyond カーボンハーフ」の分野（エネルギー、資源・3R、気候変動適応、水素エネルギー、ZEV、プラスチック対策、食品ロス対策、フロン対策等）に該当する製品・技術・サービスを扱う事業者 |
| 対象経費 | 【展示会等参加費】出展小間料、資材費、輸送費、通訳費（海外展示会のみ） 【販売促進費】EC出店初期登録料、サイト制作・改修費、印刷物制作費、動画制作費、広告掲載費 |
| 補助金額・補助率 | 最大150万円（補助率2/3以内） |
| 注意点 | ・申請は「Jグランツ」による電子申請のみ ・事前に「GビズIDプライムアカウント」の取得が必要 ・助成対象期間は令和7年11月1日～令和8年11月30日（最長1年1か月） ・予算に達し次第終了 |
出典：東京都中小企業振興公社 ゼロエミッション販路拡大助成事業
市場開拓助成事業（一般枠／成長産業分野枠）
東京都・公社の事業において評価、認定、支援等を受けた自社の製品・サービス等、または成長産業分野に属する自社の製品・サービス等の販路開拓を支援する制度です。
ECサイト構築を含む幅広い販路開拓活動に活用でき、防災・減災、医療・健康、環境・エネルギーなど、東京都が重点的に支援する分野の事業者にとって強力な支援となります。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 東京都全域 |
| 対象者 | ・都内に本店又は主たる事業所を有する中小企業者 ・東京都・公社の事業で評価、認定、支援等を受けた製品・サービスを持つ事業者 ・成長産業分野（イノベーションマップ記載分野）に属する製品・サービスを持つ事業者 |
| 対象経費 | 【展示会等参加費】出展小間料、資材費、輸送費、通訳費（海外展示会のみ） 【販売促進費】EC出店初期登録料、サイト制作・改修費、印刷物制作費、動画制作費、広告掲載費 |
| 補助金額・補助率 | 最大300万円（補助率1/2以内） |
| 注意点 | ・申請期間：令和7年6月16日～6月30日（期間限定） ・成長産業分野枠は面接審査（二次審査）あり ・電子申請（Jグランツ）のみ受付 ・商品化が完了し販売できる状態の製品が対象 |
中小企業デジタルツール導入促進支援事業
都内中小企業者等のデジタルツール導入に係る経費の一部を助成する制度です。
ECサイト構築に必要なソフトウェアやクラウドサービスの導入に活用でき、業務効率化と生産性向上を目指す企業を支援します。
小規模企業者には補助率の優遇措置があり、専門家によるフォローアップ支援も受けられる充実した内容となっています。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 東京都全域 |
| 対象者 | ・都内の中小企業者等（会社・個人事業主・中小企業団体） ・小規模企業者は優遇措置あり |
| 対象経費 | ・新たに導入するデジタルツール購入費（ツール本体） ・初期設定、カスタマイズ、運用・保守サポート費用 ・クラウド型会計ソフト、業務自動化ツール、受発注ソフト等 ※PC、タブレット等のハード機器、汎用ソフトは対象外 |
| 補助金額・補助率 | 最大100万円（下限5万円） 補助率：1/2以内（小規模企業者は2/3以内） |
| 注意点 | ・申請期間：令和7年6月11日～7月4日 ・電子申請（Jグランツ）のみ受付 ・事前にGビズIDプライムアカウントの取得が必要 ・採択後、専門家によるフォローアップ支援あり ・助成対象期間は2年間 |
出典：東京都中小企業振興公社 中小企業デジタルツール導入促進支援事業
23区で使えるECサイト関連補助金
現在、東京都23区内で活用できるECサイト関連の補助金は、以下になります。
- 中小事業者経営支援補助金〈世田谷区〉
- ECサイト活用補助金〈中央区〉
- インターネットショップ出店・開設支援助成金〈台東区〉
- IT・IoT導入補助金〈足立区〉
- ホームページ作成費補助金〈葛飾区〉
これらの補助金について、ここから紹介します。
中小事業者経営支援補助金〈世田谷区〉
社会情勢の変化や事業者が抱える課題に対応するため、販路の拡大や新規開拓、設備投資や生産性向上の支援を行う世田谷区独自の制度です。
ECサイト構築費用は「ITを活用した販路拡大支援」の枠組みで補助対象となり、ホームページ制作やインターネット広告、SNS運用支援まで幅広くカバーしています。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 世田谷区内 |
| 対象者 | ・世田谷区内に事務所又は事業所を有する中小事業者、個人事業主等 ・事業者区内定着支援は令和7年4月1日時点で創業1年以内の者 |
| 対象経費 | 【ITを活用した販路拡大支援】ホームページ制作、ECサイト構築、インターネット広告、SNS運用支援等 【生産性向上設備導入支援】生産性向上に資する設備導入費 【事業者区内定着支援】事務所家賃 |
| 補助金額・補助率 | ・ITを活用した販路拡大支援：最大30万円（1/2以内） ・生産性向上設備導入支援：最大30万円（1/2以内） ・事業者区内定着支援：最大20万円（1/2以内） |
| 注意点 | ・事業者区内定着支援は事前抽選申込が必要 ・1事業者につき各補助対象事業を1回のみ利用可 ・同一年度の併用不可 ・予算に達し次第終了 |
ECサイト活用補助金〈中央区〉
中小企業者が新たにオンライン販売から電子決済までを一括して行うサイトの構築や利用に必要な経費の一部を補助する中央区独自の支援制度です。
補助額は少額ながら、初めてECサイトを導入する事業者にとって使いやすい制度となっています。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 中央区内 |
| 対象者 | ・中央区内で1年以上事業を営んでいる中小企業者 ・法人は本店、個人事業主は事業所を区内に有すること ・法人事業税及び法人都民税（個人は個人事業税及び住民税）を滞納していないこと |
| 対象経費 | ・独自ECサイトを構築するために必要な費用 ・モール型ECサイトの初期登録費用 ※月額・年額利用料は対象外 |
| 補助金額・補助率 | 最大5万円（補助率1/2以内） |
| 注意点 | ・初めてECサイトを構築・利用開始する場合に限る ・申請期間：令和7年4月1日～令和8年1月30日（先着順） ・同一年度内でホームページ作成費補助金との併用不可 ・1事業者につき1回限り |
インターネットショップ出店・開設支援助成金〈台東区〉
台東区内の中小企業が、インターネット通販サイトへ初めて出店する場合や自社のインターネットショップを新規開設する場合の経費の一部を助成する制度です。
申請前に中小企業診断士の相談を受けることが必須となっており、専門家のアドバイスを受けながら効果的な事業計画を立てることができるのが特徴です。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 台東区内 |
| 対象者 | ・区内に本店（法人）または事業所（個人事業主）がある ・区内に営業の本拠を有する中小企業 ・申請前に中小企業診断士の相談を受けることが必須 |
| 対象経費 | ・通販サイト初期費用、出店費用（月額費用の初期3か月分のみ） ・素材（静止画、動画等）制作費、店舗構築費用 ・商品撮影委託費用、ショップ全体の制作費用 |
| 補助金額・補助率 | 最大10万円（補助率1/2以内） |
| 注意点 | ・事前に中小企業診断士との面談が必須 ・農林・漁業、風俗関連業、金融業、NPO法人等は対象外 ・先着順受付（予算に達し次第終了） ・ヒアリングシート記入と面談日程調整が必要 |
出典：台東区産業振興事業団 インターネットショップ出店・開設支援
IT・IoT導入補助金〈足立区〉
事業者が自らの強みと弱みを踏まえた経営上の課題を見出し、IT・IoTを導入活用することで生産性向上及び業務効率化を実現する支援制度です。
ECサイト構築は「IT活用」の枠組みで支援対象となり、顧客管理システムや在庫管理システムなどと併せて総合的なデジタル化を進めることができます。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 足立区内 |
| 対象者 | ・令和7年4月1日現在、足立区で継続して1年以上事業を営む個人事業者及び法人 ・本店登記かつ区内に主たる事業所があること ・法人税または住民税を滞納していないこと |
| 対象経費 | 【IT活用】ITツール、新設備、クラウドサービス利用料（上限1年分）、自社ECサイト、顧客管理・在庫管理システム等 【IoT活用】センサー、webカメラ、IoT化に必要な通信機器等 |
| 補助金額・補助率 | ・IT活用：最大75万円（補助率2/3以内） ・IoT活用：最大150万円（補助率2/3以内） ※IT活用とIoT活用の併用不可 |
| 注意点 | ・区の中小企業診断士への事前相談が必須 ・申請期間：令和7年4月1日～令和8年2月13日 ・申請書提出は予約制 ・予算に達し次第終了 |
ホームページ作成費補助金〈葛飾区〉
区内中小企業が販路拡大等を図るため、製品や技術等を広くPRする手段としてホームページを作成・改修する際の経費の一部を補助する制度です。
ECサイト構築は、ホームページ作成と同時申請の場合のみ上乗せ補助として対象となります。
外国語対応やPR動画作成も組み合わせることができ、総合的なWeb戦略を支援する補助金となっています。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 葛飾区内 |
| 対象者 | ・中小企業基本法第2条に規定する中小企業で区内に主たる事業所を有すること ・区内で引き続き1年以上事業を行っていること ・葛飾区創業塾の全講座受講者は1年未満でも対象 ・前年度の法人都民税または特別区民税を滞納していないこと |
| 対象経費 | ・ホームページ作成・全面改修の委託料 ・ECサイト新規構築費（HP作成と同時申請時のみ） ・PR動画作成・掲載費（HP作成と同時申請時のみ） ・外国語対応費（2か国語以上） |
| 補助金額・補助率 | ・HP作成・改修（日本語）：最大5万円（1/2以内） ・HP作成・改修（外国語対応）：最大8万円（1/2以内） ・ECサイト新規構築：最大10万円（1/2以内）※上乗せ ・PR動画作成：最大2万円（1/2以内）※上乗せ |
| 注意点 | ・ECサイト、PR動画は単独申請不可（HP作成と同時のみ） ・申請期間：令和7年4月1日～令和8年2月27日 ・実績報告期限：令和8年3月31日 ・過去2年度に本補助金を受けた場合は申請不可 |
市町村で利用できるECサイト補助金
23区以外でも、東京都内の市区町村で活用できるECサイト関連の補助金もあります。
- 創業者販路拡大支援補助金〈八王子市〉
現在、EC関連の補助金事業を実施している市町村は非常に少ないため、東京都の補助金や国の補助金も活用しましょう。
創業者販路拡大支援補助金〈八王子市〉
八王子市内の創業者を増やし、販路拡大に係る取組を促進することで経営力を強化し、地域経済の活性化及び市内産業の振興を図る補助金制度です。
創業者や小規模企業を対象に、ECサイト構築費用を含むWeb関連費や広報費を手厚く支援します。
| 項目 | 内容 |
| 対象地域 | 八王子市内 |
| 対象者 | ・創業者（産業競争力強化法第2条第31項に規定） ・小規模企業者（製造業その他20人以下、商業・サービス業5人以下） ・特定創業支援等事業による支援を受け、有効期間内の証明書を取得 ・未創業者も申請可（実績報告時に開業届提出が必要） |
| 対象経費 | 【Web関連費】ウェブサイト作成・更新、インターネット広告、システム構築、SNS関連経費 【広報費】チラシ・カタログ外注、広告掲載、看板作成、DM発送、販促品・試供品 |
| 補助金額・補助率 | 最大10万円（補助率3/4以内） |
| 注意点 | ・特定創業支援等事業の証明書取得が必須 ・申請期間：令和7年5月7日～令和8年1月31日 ・オンライン申請のみ ・予算に達し次第終了 |
補助金の賢い使い分けと申請タイミングのコツ
ECサイト関連の補助金を活用する際は、補助金の使い分け、申請タイミングなど、注意すべき点がいくつかあります。
以下は、補助金の申請に関するコツです。
- 経費を切り分けて重複受給を避ける
- 募集期を読み切って採択率を高める
- 区補助と都補助を組み合わせて資金を最大化する
- 見積と稟議を整えて申請を通す
- KPIを設定して受給後の成果を伸ばす
これらのコツを考慮しつつ、補助金を最大限活用できるよう慎重に検討を重ねましょう。
経費を切り分けて重複受給を避ける
補助金活用において最も注意すべき点は、同じ費用で複数の補助金を受け取ることができないという原則です。これは「重複受給の禁止」と呼ばれ、すべての公的補助金に共通するルールとなっています。
しかし、賢く補助金を組み合わせることで、別々の費用を補うことは可能です。以下のような使い分けが考えられます。
- 東京都の市場開拓助成事業 → ECサイト構築費用
- 区の補助金 → 広告宣伝費
- 別の補助金 → 設備投資費用
また、申請要項に「併用不可」と明記されている場合、以下の対応をしましょう。
- 他方の補助金申請を辞退する
- 事前に各補助金の要項を詳細に確認する
- 不明な点を事務局に問い合わせる
事業内容が類似している場合、別の補助金であっても認められないケースがあるため注意が必要です。
それでも「ECサイト構築」と「デジタルツール導入による業務効率化」のように、目的を明確に分けることで、複数の補助金活用が可能となる場合もあります。
募集期を読み切って採択率を高める
補助金申請において、タイミングは極めて重要な要素です。採択率を高めるためには、募集期の特徴を理解しておきましょう。
一般的に、以下の時期は採択率が高い傾向にあります。
- 年度前半：予算が潤沢にある
- 初回募集：申請者数がまだ少ない
- 募集開始直後：競争が比較的緩やか
【申請時期による違い】
| 時期 | 特徴 | 推奨度 |
| 募集開始～1か月 | 競争が少ない、問い合わせもスムーズ | ★★★ |
| 中盤 | 標準的な競争率 | ★★ |
| 締切直前 | 応募殺到、採択率低下 | ★ |
| 年度末 | 予算残少、競争激化 | ★ |
初めて補助金申請に挑戦する場合でも、早めに申請するメリットがあります。
- 不採択時のリカバリー
- 経験を活かして次回応募が可能
- 申請書類作成のノウハウ蓄積
- 二回目以降は格段に効率アップ
- 事務局対応の良さ
- 問い合わせへの回答が迅速
- 丁寧な対応を受けやすい
- 書類不備の指摘も早い
締切に余裕を持ち、早めに応募することが採択への近道となるでしょう。
区補助と都補助を組み合わせて資金を最大化する
条件が合えば、東京都と区の補助金を併用することで、支援額を大幅に拡大することが可能です。
【組み合わせ例】
パターン1：システム構築＋広告費
- 東京都デジタルツール導入促進支援事業 → ECサイトのシステム構築費
- 区の補助金 → 広告費やプロモーション費用
パターン2：基本構築＋追加機能
- 都の補助金 → ECサイトの基本構築
- 区の補助金 → 決済システムや在庫管理システム
複数の補助金を活用するには、以下の点に注意が必要です。
- 補助総額が実際の費用を超えないよう調整
- 過度な補助金受給は返還対象となる可能性
- 適切な金額設定が重要
- 経費の区分を明確に
組み合わせを検討する際は、それぞれの補助金の対象経費を明確に区分することが大切です。経費の区分が曖昧だと、重複受給とみなされる可能性があるため、会計処理も含めて慎重に管理する必要があります。
見積と稟議を整えて申請を通す
補助金申請において、すべての補助対象経費に業者の見積書が必要となります。これは、経費の妥当性を証明するための重要な書類です。
多くの補助金では、3社以上から相見積りを取ることが推奨または義務付けられています。
見積書などの書類不備を防ぐため、以下の項目を必ず確認しましょう。
| チェック項目 | 確認内容 |
| 日付 | 申請期間内の日付か |
| 金額の内訳 | 詳細な項目別記載があるか |
| 有効期限 | 事業実施期間をカバーしているか |
| 対象経費の区分 | 補助対象と対象外が明確に分かれているか |
| 社印・担当者印 | 正式な見積書として成立しているか |
そして、締切直前になって社内承認が下りないという事態を避けるため、余裕を持ったスケジュール管理が必要となるでしょう。
KPIを設定して受給後の成果を伸ばす
ECサイト関連の補助金を活用する際も「売上◯◯%増」など、具体的な目標（KPI）を設定することが重要です。
これは単に補助金申請のためだけでなく、事業の成功に直結する大切なポイントになります。
補助事業後には、売上や成長率の効果報告が必要となる場合が多くあるため、設定したKPIに対して、定期的に成果を測定し改善を続けましょう。
【持続的成長のポイント】
- 初期投資の負担軽減分を運用・マーケティングに投資
- KPI達成状況を踏まえた改善の継続
- 必要に応じた追加投資や機能改善
- 顧客フィードバックの収集と反映
KPIの達成状況を踏まえながら、ECサイトを育てていくことが成功へのポイントになります。
EC補助金を活用してオンライン販路を拡大しよう
補助金を活用すれば、ECサイト立ち上げの初期費用を大幅に軽減できます。100万円から300万円かかるとされるECサイト構築費用も、補助金を上手に活用することで、自己負担を大きく減らすことが可能です。
また、オンライン販路の多角化は、経営リスク分散にも役立ちます。実店舗だけに依存していると、外的要因により売上が大きく影響を受ける可能性があります。
申請に不安がある場合は、商工会議所などの無料相談を活用することをお勧めします。東京商工会議所や各区の商工会議所では、補助金申請のサポートや経営相談を無料で行っています。
専門家のアドバイスを受けながら申請準備を進めることで、採択の可能性を高めることができるでしょう。
